9 Trường Hợp Doanh Nghiệp Bị Kiểm Tra Thuế Từ Ngày 01/7/2026

Luật Quản lý thuế 2025 chính thức có hiệu lực thi hành từ ngày 01/7/2026. Một trong những điểm mới đáng chú ý nhất mà các chủ doanh nghiệp và kế toán cần đặc biệt lưu ý là quy định cụ thể về các trường hợp sẽ bị cơ quan chức năng kiểm tra trực tiếp tại trụ sở. Việc nắm rõ quy định này giúp doanh nghiệp chủ động rà soát sổ sách, tránh các rủi ro pháp lý không đáng có.

Các trường hợp doanh nghiệp bị kiểm tra thuế tại trụ sở

Theo khoản 3 Điều 22 Luật Quản lý thuế 2025, cơ quan thuế có thẩm quyền ra quyết định kiểm tra trực tiếp tại văn phòng, trụ sở của người nộp thuế nếu thuộc một trong các diện sau đây:

Hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước khi hoàn thuế:

Áp dụng cho các doanh nghiệp đang làm thủ tục hoàn thuế thuộc nhóm đối tượng cần thẩm định trước.

Hồ sơ kiểm tra sau hoàn thuế:

Đối với các trường hợp đã được hoàn thuế trước theo nguyên tắc quản lý rủi ro. Thời hạn kiểm tra lại là trong vòng 05 năm kể từ ngày có quyết định hoàn thuế.

Có dấu hiệu vi phạm pháp luật về thuế:

Doanh nghiệp bị phát hiện hoặc có nghi vấn gian lận, sai phạm trong lĩnh vực nghĩa vụ thuế.

Nằm trong kế hoạch, chuyên đề năm:

Các đợt kiểm tra định kỳ được cơ quan thuế lên kế hoạch và phê duyệt từ trước.

Theo yêu cầu của cơ quan có thẩm quyền:

Khi có đề nghị, văn bản yêu cầu từ các cơ quan chức năng hoặc người có thẩm quyền liên quan.

Doanh nghiệp có rủi ro cao khi thay đổi cấu trúc:

Thuộc các trường hợp chia tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, phá sản, giải thể, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc thay đổi địa điểm kinh doanh.

Bị ấn định thuế hoặc xử lý vi phạm:

Trường hợp cơ quan thuế ban hành quyết định ấn định thuế, xử phạt hành chính hoặc chuyển trạng thái sang kiểm tra trực tiếp tại trụ sở.

Giải quyết khiếu nại, tố cáo:

Kiểm tra dựa trên yêu cầu thực tế của việc giải quyết các đơn thư khiếu nại, tố cáo liên quan đến thuế.

Hồ sơ miễn, giảm, không thu thuế có rủi ro cao:

Các chứng từ, hồ sơ xin miễn giảm thuế của doanh nghiệp bị hệ thống đánh giá thuộc nhóm rủi ro.

Thẩm quyền mở rộng của cơ quan hải quan

Bên cạnh cơ quan thuế, cơ quan hải quan cũng có toàn quyền kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp đối với các trường hợp kể trên. Đồng thời, đơn vị này sẽ thực hiện kiểm tra sau thông quan và kiểm tra các điều kiện áp dụng chính sách thuế. Trong tình huống cần thiết và hàng hóa còn đủ điều kiện, hải quan sẽ tiến hành thực tế kiểm tra đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu.

Quy định về thời hạn và tần suất kiểm tra thuế từ 01/7/2026

Để đảm bảo hoạt động kinh doanh của doanh nghiệp không bị gián đoạn, Luật mới cũng quy định rất rõ ràng về giới hạn thời gian và số lần kiểm tra.

Tần suất kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp

Đối với các đợt kiểm tra theo kế hoạch, chuyên đề hoặc khi doanh nghiệp thay đổi cấu trúc (giải thể, sáp nhập, chuyển địa điểm…), cơ quan thuế chỉ được phép thực hiện kiểm tra tại trụ sở không quá 01 lần trong một năm. Quy định này giúp doanh nghiệp yên tâm vận hành sản xuất mà không lo bị thanh kiểm tra liên tục.

Thời hạn cho một lần kiểm tra thuế

• Trường hợp thông thường: Thời gian kiểm tra tối đa là 20 ngày làm việc kể từ ngày công bố quyết định. Nếu phát sinh vấn đề phức tạp, cơ quan thuế được gia hạn thêm 01 lần nhưng không quá 20 ngày.
• Doanh nghiệp có giao dịch liên kết: Thời hạn kiểm tra kéo dài hơn, tối đa là 40 ngày và có thể gia hạn thêm 01 lần không quá 40 ngày.
• Cần xác minh với nước ngoài: Nếu phải thu thập, trao đổi thông tin với cơ quan thuế quốc tế, thời hạn kiểm tra có thể kéo dài nhưng không quá 02 năm.

Mẹo cho kế toán: Toàn bộ thời gian tạm dừng kiểm tra (nếu có thông báo chính thức từ cơ quan thuế) sẽ không bị tính vào thời hạn kiểm tra nêu trên.

Khi nào doanh nghiệp bị cơ quan chức năng kiểm tra lại thuế?

Một vụ việc đã có kết luận và đã có quyết định xử phạt hành chính vẫn có thể bị kiểm tra lại nếu rơi vào các tình huống nghiêm trọng sau:

• Quyết định kiểm tra trước đó được ký duyệt trái thẩm quyền.
• Quá trình kiểm tra trước đó vi phạm nghiêm trọng về trình tự, thủ tục làm sai lệch bản chất kết luận.
• Có sai lầm rõ ràng trong việc áp dụng quy định pháp luật khi đưa ra kết luận hoặc quyết định xử phạt.
• Nội dung kết luận thuế hoàn toàn không ăn khớp với các chứng cứ thu thập được trong hồ sơ.
• Trưởng đoàn hoặc thành viên đoàn kiểm tra cố ý làm sai lệch hồ sơ, kết luận trái pháp luật.
• Doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuế nghiêm trọng nhưng đợt kiểm tra trước chưa phát hiện ra đầy đủ.

Riêng với lĩnh vực hải quan, việc kiểm tra lại sẽ diễn ra nếu phát hiện doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm thuộc phạm vi quyết định kiểm tra nhưng đợt trước chưa được kiểm tra, chưa kết luận, hoặc kết luận thiếu chính xác.

Doanh nghiệp của bạn đang cần rà soát lại sổ sách kế toán hoặc cần tư vấn sâu hơn về các quy định quyết toán thuế nhằm chuẩn bị tốt nhất cho các kỳ kiểm tra? Hãy liên hệ ngay với Luật sư 360 theo thông tin được cung cấp tại website này hoặc trên các trang mạng xã hội khác của Luật sư 360 để được đội ngũ chuyên gia hỗ trợ nhanh chóng và chính xác nhất!

Trân trọng kính chào!